例えば、治療器の2台使用を20分行うのと、1台使用を倍の時間の40分行うのでは同じ効果でしょうか。

全く治療効果は異なります。
たとえ1台使用を100分行っても2台使用20分と同じ効果を引き出すことはできません。
短い時間でいかに有効な沢山の電子を与えられるか、それがポイントになります。
しかし、一般的には1台使用でも十分な効果が得られているので心配しないで下さい。