肺炎になり高熱（40℃）があります。このような時の還元電子治療は行えるでしょうか。

このような場合でも還元電子治療は行えます。

むしろ実践して下さい。
肺炎ですから感染症と思います。
もともと免疫機能の低下が続いていたためですから、極数選択「１」で１回２０分，
１日５回を目標に行って下さい。
また肺炎の時は多量の活性酸素が発生していますので、
活性酸素を消去して早く病状を安定化するためにも還元電子治療は有効です。